Из-за постоянной циркуляции и перемешивания ветровыми течениями химический состав воды в Байкале сравнительно однороден. Так как озеро заполняется поверхностными водами, неуспевающими насытиться солями, байкальская вода слабой минерализации и соответствует стандартам на самую высококачественную питьевую воду. Это мягкая вода гидрокарбонатного класса. В среднем на долю гидрокарбонатов кальция и магния приходится 84%, хлоридов и сульфатов - 7% и щелочных металлов - 9% эквивалент ионов. Поступающие в озеро воды претерпевают при метоморфизации глубокие изменения в своем химическом составе, в результате чего вода Байкала принадлежит к гидрокарбонатно-кальцево-сульфатной (НСО-3 - Са2+ - SО42+) гидрохимической фации. Имеет слабощелочную реакцию из-за наличия в ней натрия, кальция, магния, калия и низкого содержания свободной углекислоты. РН в пределах 7,0-8,5 ед., с глубиной снижается. Также в зимнее время происходит сдвиг в сторону нейтральной реакции (рН 7), а летом щелочной (рН 8,5). В поверхностных слоях донных отложений озера до глубины 5-20 см идут окислительные процессы (гидроксилы железа), глубже идут восстановительные процессы (сульфаты железа, пирит). В байкальской воде содержится около 40 химических элементов (в очень малых количествах), больше других - кальция, углерода, кислорода, магния, натрия, калия, кремния, серы, хлора, азота, железа, фосфора, но ощущается дефицит йода. Она обладает агрессивностью и высокой растворяющей способностью, которая с глубиной возрастает. Поэтому все твердые останки животных: млекопитающих, рыб, моллюсков, быстро разлагаются, не оставляя следов.
