Байкал считается самым крупным хранилищем жидкой слабоминерализованной пресной прозрачной воды на планете. Площадь водного зеркала этого уникального водоема 31,5 тыс. кв. км, объем байкальской воды 23 тыс. куб. км, наибольшая глубина озера 1637 м. Это горное озеро имеет множество притоков и только одна река - Ангара вытекает из него.
Вода в Байкале очень холодная и за счет большой массы обладает значительной тепловой инерцией. Температура ее зависит не только от теплообмена с прилегающим к ней атмосферным воздухом, но и от ветрового и волнового перемешивания, от течений и других причин. Среднегодовая температура воды на поверхности озера примерно 4 градуса по цельсию, в мелководных районах выше, чем в открытом озере, только летом. В самых глубоких местах у дна вода на один градус холоднее (3,2 градуса по цельсию). На контакте теплых вод притоков Байкала и холодных водных масс открытой части озера, образуется гидравлический барьер, в этом случае не происходит смешивания разнородных водных масс. Два раза в год: весной и осенью, наблюдается гомотермия - это когда во всей толще воды устанавливается однородная температура (+4 градуса по цельсию).
Самый высокий сезонный уровень воды в Байкале бывает в августе - сентябре, а самый низкий - в марте - апреле (разница до 1 метра). Происходят долговременные и кратковременные изменения уровня воды. Первые - плавные, приточно-сточные, при которых он снижается или повышается равномерно во всем озере, по климатическим или геологическим причинам. Вторые - резкие, связаны с колебаниями атмосферного давления, ветром, с изменением плотности и температуры воды. При изменении уровня воды у одного берега, он изменяется и у противоположного берега. Уровень, стремясь прийти в исходное, равновесное положение, рождает колебания, охватывающие всю водную акваторию - сейши.
Степень волнения для разных участков озера определяется направлением берегов, их положением по отношению к ветру, а высота волны зависит от длительности действия воздушных масс и длины разгона. На Байкале особенной устойчивостью отличаются осенние волнения, с максимальной высотой от 4 до 6,5 м. Характерно образование сложного возмущения водной поверхности - толчеи, возникающего при столкновении двух противоположных по направлению волнений.
В водообмене различных частей озера значительную роль играют течения, несмотря на то, что они слабые. Выделяют стационарные большие кольцевые течения в южной, северной и средней частях, направленные против движения часовой стрелки. Также наблюдаются временные, местные циркуляционные токи воды, направленные по часовой стрелке.